Postdoktor i djupinlärningsmodellering av tumörmiljön

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Beskrivning av forskargruppen

Vårt labb bidrar till utvecklingen av precisionsmedicin mot cancer genom djupinlärningsmodeller av molekylära nätverk inom celler. Modellerna omfattar metabolism, signalering och genreglering och begränsas med olika villkor för att överensstämma med fysiska interaktioner mellan biomolekyler. Vi tränar modellerna på högkapacitetsscreeningsdata (high-throuput datasets), inklusive metabolomik, proteomik och transkriptomik och använder dem för att identifiera mekanismer på systemnivå inom cancer för förbättrad behandlingseffektivitet, genom nya läkemedelsmål, biomarkörer och resistensmekanismer. Vi är specifikt intresserade av cancer-stroma interaktioner i bukspottkörtelcancer.

Vårat långsiktiga mål är att etablera datorstödd design av precisionsmedicin mot cancer.
Labbet är beläget i Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och tjänsten finansieras av Data Driven Life Science-programmet (DDLS).

Din roll

Du kommer att utveckla en djupinlärningsmodell av tumörmiljön (tumor microenvironment, TME) i pankreascancer med målsättningen att identifiera nya terapeutiska mål och biomarkörer för att modifiera TME för att förbättra behandlingsresultaten.

I denna postdoc tjänst kommer du att:

• Designa ett högkapacitetsscreeningsexperiment av stimuli-respons i cancer- och stromaceller, som kommer att utföras av vår forskningsinfrastruktur (core facilities).
• Träna en modell för att predicera ligandmönster i TME från patientdata, vilket kan förbättra klassifikationen av sjukdomstillstånd och identifiera potentiella biomarkörer.
• Utvidga modellen för att simulera dynamiska interaktioner mellan pankreascancer och stroma-celler för att avslöja stabila ligandsekretionsmönster.
• Förutsäga molekylära mål inom nätverken för pankreascancer och stroma som kan modifiera TME för att förbättra patientutfallen.

Om du är redo att göra en insats i kampen mot cancer och bidra till banbrytande forskning i skärningspunkten mellan djupinlärning och cellbiologi uppmanar vi dig att söka tjänsten!

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer:

• Starka programmeringskunskaper i språk så som Python.
• Erfarenhet av analys av data från högkapacitetsscreening.
• Dokumenterad förmåga att bedriva självständig forskning och effektivt kommunicera resultat.
• Högmotiverad med förmågan att arbeta både självständigt och i team.
• Goda kunskaper i skriftlig och muntlig engelska.

Andra önskvärda kvalifikationer:

• God kännedom om cancerbiologi, särskilt tumörmiljön.
• Erfarenhet av djupinlärningsmodeller och automatisk differentiering.
• Erfarenhet av GitHub eller andra versionskontrollsystem.
• Erfarenhet av att utforma högkapacitetsscreeningsexperiment.

Vårt labb värderar mångfald och inkludering, och vi är engagerade i att främja en miljö där alla individer känner sig bemyndigade att bidra med sina unika perspektiv och färdigheter i strävan mot vårt gemensamma mål, att främja precisionsmedicin mot cancer.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Stockholm

Deep learning models of cancer mechanisms – Avlant Nilsson's Group | Karolinska Institutet (ki.se)

[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till "en bättre hälsa för alla"] 

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss

1. Avlant Nilsson, avlant.nilsson@ki.se

1. Shahla Rostami,OFR, shahla.rostami@ki.se
2. Elisabeth Valenzuela, SEKO, elizabeth.valenzuela@ki.se
3. Björn Andersson, SACO, bjorn.andersson@ki.se