Postdoktor Multi-Omics Bioinformatiker till Karolinska Institutet

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Karolinska Institutet, Institutionen för onkologi-patologi, Lehtiö forskargrupp

Anställningen kommer att placeras i forskargruppen för cancerproteomik masspektrometri som leds av professor Janne Lehtiö vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten för SciLifeLab som idag är nationell infrastruktur och forskningscentrum inom teknologidriven biovetenskap. Lehtiö-gruppen är en translationell grupp av forskare med en drivkraft att förbättra analysen av mänskliga proteomer genom att utveckla nya metoder som kan användas för att förbättra personlig cancerbehandling. För närvarande strävar vi efter att stärka vår forskargrupp med en enastående forskare med beprövad expertis inom tolkning och integration av canceromics-data och i att skapa värde i både forskning och i translationella miljöer. Anställningen är en postdoktorandtjänst på 2 år (förlängningsbar upp till högst 4 år). Vi erbjuder ett mycket stimulerande och mångsidigt arbete i ett team av mycket motiverade medarbetare med expertis inom spjutspetsteknik.

Din roll

Vi söker en enastående multi-omics bioinformatikforskare med starka analytiska och programmeringsfärdigheter som arbetar med canceromics-data. Kandidaten bör utveckla, sätta upp, underhålla och uppdatera bioinformatikpipelines för att integrera tumördata från olika teknologier (inklusive genomik, transkriptomik och proteomik). Syftet är att generera ny kunskap om tumörbiologin, upptäcka tumörantigener och associera fynden med framväxande anti-cancerterapier, särskilt mot riktade immunterapier. Bioinformatikern förväntas också utveckla verktyg för att underlätta översättningen av arbetet till nya kliniska initiativ.

Arbetsuppgifter för tjänsten:

• Driva bioinformatikprojekt och fungera som expert på omics datatolkning
• Styr utvecklingen av proteogenomik genom implementering av nya algoritmer och beräkningsanalysinfrastruktur
• Underhålla, stödja och uppdatera multiomics bioinformatikpipelines
• Utveckling av verktyg för att stödja kliniska initiativ inom tillämpningar av genomik och proteomik
• Integrera sekvenseringsdata från externa och offentliga resurser för att förbättra kliniska forskningsresultat
• Handleda postdoktorer, doktorander och teknisk personal inom bioinformatik och proteogenomisk analys
• Söka extern finansiering – både nationellt och internationellt
• Delta aktivt i akademiska, industri- och hälsosamarbeten som involverar omics-baserade metoder för att förbättra cancerterapi

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer

• Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, biologi, medicin eller matematisk statistik.
• Erfarenhet av cancerforskning och analyser av storskalig multiomics cancerdata.
• Beprövad erfarenhet av utveckling av bioinformatikverktyg och mjukvarupaket.
• Fördjupade kunskaper i NGS-databearbetning från helgenomsekvensering och RNA-seq, kunskaper inom enkelcellig RNA-seq och rumslig transkriptomik är ett plus.
• Kunskaper inom masspecifik proteomik och proteogenomik dataanalys och tolkning.
• Bekantskap med immunterapikoncept och neoantigen targeting.
• Betydande erfarenhet av att arbeta i bash scripting och HPC Linux/Unix-miljö.
• Kunskaper i programmering (helst Python, SQL, groovy, R, html, JavaScript och bash).
• Goda kunskaper om cancerbiologi och translationell cancerforskning.
• Erfarenhet av samverkan mellan olika discipliner och ge bioinformatikstöd.
• Erfarenhet av implementeringsforskning.
• En bevisad akademisk meritlista, inklusive publikationer med hög genomslagskraft och mycket citerade.
• Goda kunskaper i engelska, muntligt och skriftligt.

Ytterligare meriter

• Expertis inom webbprogrammering och webbapplikationsutveckling.
• Expertis i att hantera stora datamängder genom att designa strukturerade databaser (PostgreSQL, MySQL).
• Maskininlärningsmetoder såsom djupinlärning för analys av proteomikdata och klassificering av cancerprofiler.

Då tjänsten innebär ett nära samspel med flera forskare läggs vikt vid personliga färdigheter som:
-Mycket god samarbetsförmåga
- Utmärkt kommunikationsförmåga och analytisk förmåga.

Bedömningsgrunder

Vid bedömning av kandidaterna kommer lämplighet för tjänsten, erfarenhet av ovan angivna metoder samt erfarenhet inom området att ligga till grund för urvalet av denna rekrytering.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Science for Life Laboratory, SciLifeLab i Solna

 Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Varmt välkommen med din ansökan senast den 4 november.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Anställningen är på 2 år med möjlighet till förlängning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss

1. Helena Bäckvall, helena.backvall@ki.se
2. Rui Branca, rui.mamede-branca@ki.se

1. Helen Eriksson, OFR, helen.eriksson@ki.se
2. Henry Wölling, Seco, henry.wolling@ki.se
3. Per Hydbring och Nick Tobin, SACO , per.hydbring@ki.se/nick.tobin@ki.se