Doktorand inom data-driven precisionsmedicin

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegration, analys, visualisering och datatolkning för patientstratifiering, upptäckt av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnos, läkemedelsrespons och övervakning av hälsa. Forskning inom precisionsmedicin förväntas använda befintliga starka tillgångar i Sverige och utomlands, såsom molekylära data (t.ex. omics), avbildningstekniker, elektroniska hälso- och sjukvårdsdata, longitudinella patient- och befolkningsregister och biobanker.

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Institutionen för Molekylär Medicin och Kirurgi (MMK) samt forskargrupperna för kärlkirurgi och klinisk fysiologi söker en motiverad och nyfiken doktorand för att arbeta under handledning av Dr. David Marlevi, Prof. Ulf Hedin och Dr. Ljubica Matic. Syftet med doktorandprojektet är att förbättra prediktionen av stroke-risk hos patienter med åderförkalkning i halskärlen genom en tvärvetenskaplig kombination av datadriven avbildning, beräkningsmodellering, bioinformatisk analys och experimentell kärlbiologi. Baserad i en translationell forskningsmiljö inom data-driven livsvetenskap, beräkningsavbildning och kärlkirurgi kommer du att ingå i ett mångsidigt forskningsteam med fokus på instabilitet i aterosklerota plack. Forskningen bygger på data från Biobanken för karotis endarterektomier (BiKE): världens största resurs för molekylära studier av karotis ateroskleros, vilket erbjuder enastående möjligheter till både vetenskaplig och klinisk påverkan.

Projektmiljön och DDLS forskarskola

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,7 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss? Ansök nu!

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Det övergripande målet med doktorandprojektet är att undersöka kliniska, diagnostiska och molekylära egenskaper hos instabila aterosklerota plack med hjälp av datadrivna precisionsverktyg, allt i syfte att förbättra dagens kliniska paradigmer för klinisk riskprediktion och individualiserad diagnostik. Förbättrad riskbedömning vid åderförkalkning / ateroskleros har varit ett primärt fokus för våra forskargrupper under de senaste decennierna, med målet att förstå de biologiska processer som styr plackinstabilitet och identifiera nya biomarkörer som kan komplettera eller förbättra klinisk rutin.

En central del av detta arbete är Biobanken för Karotis Endarterektomier (BiKE), som etablerades av vår forskargrupp och innehåller kliniska, radiologiska, histologiska samt fullständig genomisk, transkriptomisk och proteomisk profilering av plackvävnad och plasma från över 1000 patienter. Detta utgör världens största resurs för molekylär karakterisering av human ateroskleros. Doktorandprojektet kommer att använda data från BiKE för att utforska hypoteser kring plackinstabilitet, där klinisk bilddiagnostik fungerar som grund för utveckling av datadrivna metoder för att: (i) förutsäga molekylärt uttryck, (ii) översätta beräkningsmässiga insikter till patientbeteende, och (iii) implementera både övervakade och icke-övervakade metoder för att förutsäga strokerisk utifrån preoperativa data. Arbetet kommer huvudsakligen att fokusera på utveckling av datadrivna modeller, men kommer även att vara nära kopplat till valideringsstudier i samarbete med kliniska och experimentella kollegor i forskargruppen.

Som en del av ett individuellt forskningsprojekt kommer du att ansvara för att sätta upp och utvärdera dataanalyser, implementera modeller och nätverk, definiera optimala vetenskapliga protokoll samt författa vetenskapliga artiklar och konferensbidrag för att redovisa och sprida resultaten från projektet. Parallellt med forskningsprojektet kommer doktoranden att arbeta mot att uppfylla kurskraven i doktorandprogrammet, enligt de regler och riktlinjer som finns tillgängliga på ki.se.

Vad erbjuder vi? 

Som en del av teamen för kärlkirurgi och klinisk fysiologi erbjuder vi en unik translationell forskningsmiljö med bred expertis som sträcker sig över datadriven avbildning, klinisk vetenskap, molekylärbiologi, bioinformatik och medicinsk teknik – alla med ett gemensamt mål att förbättra diagnostiken av aterosklerotiska och kärlsjukdomar. Med tillgång till unika kohorter och biobankdata kommer doktoranden att vara direkt involverad i banbrytande datadriven translationell forskning, i nära samarbete med internationella nätverk, för att driva förståelsen av instabilitet i aterosklerotiska plack från klinisk observation till molekylär förståelse – och tillbaka till förbättrad diagnostik i praktiken. Deltagande i internationella workshops och konferenser samt potentiella forskningsvistelser vid samarbetande institutioner ingår i de förväntade arbetsuppgifterna. Vidare, genom direkt integration i DDLS forskarskola samt de kliniska aktiviteterna vid Karolinska Universitetssjukhuset, erbjuds unik tillgång till internationell expertis inom maskininlärning, avancerad bilddiagnostik, varierade patientkohorter och relevanta beräkningsresurser – allt detta skapar mycket goda förutsättningar för banbrytande forskning. Den utvalda kandidaten ska även kunna arbeta effektivt och produktivt i team, men också successivt utveckla förmågan att arbeta självständigt med sitt specifika projekt.

I ett större perspektiv är Karolinska Institutet ett av världens ledande medicinska universitet, med visionen att bidra till bättre hälsa för alla. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en erfaren handledare, ett brett utbud av valbara kurser, möjlighet att arbeta i en ledande forskargrupp samt utforska möjligheter till internationellt utbyte. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Din profil

Vi söker en mycket motiverad, självständig och analytisk person med:

• Examen eller motsvarande inom datavetenskap och maskininlärning, bioinformatik, teknisk fysik, biomedicin eller liknande
• Dokumenterade kunskaper inom datadriven analys (maskininlärning med Python, TensorFlow, PyTorch eller liknande) samt beräkningsstatistik
• Specifik kunskap inom storskalig dataanalys, kvantitativ medicinsk bildanalys, eller tillämpning av datadrivna metoder för kliniska syften i allmänhet och kärlapplikationer i synnerhet är meriterande, men inget krav
• Erfarenhet av bioinformatisk analys är starkt meriterande, men inte ett krav
• Erfarenhet av experimentell cellulär eller vaskulär biologi är meriterande, men inte ett krav
• Tidigare erfarenhet av vetenskaplig dataanalys är fördelaktigt, liksom medverkan i tidigare vetenskapliga publikationer

Stor vikt kommer även att läggas vid personlig lämplighet, där vi söker en ambitiös, systematisk och problemlösande person. Utmärkta kommunikationsförmågor i både tal och skrift på engelska är ett krav, liksom förmåga att samarbeta och arbeta i ett translationellt forskningsteam på nationell eller internationell nivå. Engagemang för öppen vetenskap är också centralt, då gruppen arbetar med öppen källkod, datadelning m.m.

Vi välkomnar exceptionella kandidater från hela världen att söka denna spännande möjlighet.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet

1. David Marlevi, [email protected]

1. Virpi Töhönen, SACO, [email protected]
2. Elisabeth Noren-Krog, OFR, [email protected]
3. Taher Darreh-Shori, SACO, [email protected]