Doktorandplats inom tillämpad matematik och beräkningsbiologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Doktoranden kommer att vara placerad i Joakim Dahlins forskargrupp vid Karolinska Institutet i Stockholm, Solna. På grund av projektets tvärvetenskapliga karaktär, med fokus på tillämpad matematik, kommer den antagna doktoranden även att vara en integrerad del av Johan Karlssons grupp vid Kungliga Tekniska högskolan (KTH) i Stockholm. 

Joakims team arbetar i gränslandet mellan experimentell och beräkningsbaserad medicin för att kartlägga blodcellers utveckling på singelcell-nivå. Arbetet utförs med hjälp av den senaste teknologin inom singelcellomics-analyser. Gruppen består av Joakim, två experimentellt inriktade doktorander, en bioinformatiker (postdoktor) och en matematiker (doktorand). 

Johans grupp tillhör avdelningen för numerisk analys, optimeringslära och systemteori vid Matematiska institutionen på KTH. Ett av gruppens nuvarande huvudfokus är att utveckla metoder baserade på optimal transport för att lösa problem inom signalbehandling, reglerteknik och inversproblem.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Genom att utveckla nya metoder inom tillämpad matematik och beräkningsmodellering syftar det här projektet till att ge nya insikter om hur blodceller bildas vid hälsa och sjukdom. Ett centralt mål är att modellera dynamiska förändringar i gen- och proteinuttryck när stamceller utvecklas till mogna blodcellstyper.

Doktorandprojektet fokuserar på att ta fram beräkningsmetoder för att modellera cellutvecklingen på singelcell-nivå – med hjälp av verktyg från optimal transport, matematisk optimering och maskininlärning. Förutom metodutveckling ingår även tillämpning och utvärdering av algoritmer på både publikt tillgängliga dataset och singelcellomics-data framtagna i gruppen.

Forskningen bedrivs i en tvärvetenskaplig miljö i nära samarbete med både matematiker och experimentella samt beräkningsinriktade forskare – såväl nationellt som internationellt. Doktoranden kommer dessutom att vara en del av satsningen datadriven livsvetenskap.

Datadriven livsvetenskap

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss?

Till Karolinska Institutet söker vi en doktorand inom Datadriven cell- och molekylärbiologi

Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som fundamentalt förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att utforska deras molekylära komponenter i tid och rum, från enstaka molekyler till naturliga vävnadsmiljöer.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

En examen i matematik, tillämpad matematik eller motsvarande krävs för tjänsten.
Erfarenhet av att implementera numeriska metoder och algoritmer, t.ex. i Python, Matlab eller liknande, är ett krav.

En stark motivation att utveckla matematiska verktyg för biologiska och medicinska tillämpningar är ett krav.

Kunskap och dokumenterad förståelse inom optimering och maskininlärning är meriterande.

Den framgångsrika kandidaten kan självständigt driva sitt arbete, men visar även förmåga att samarbeta i ett team. Kandidaten är organiserad, nyfiken och har förmåga att analysera komplexa problem utifrån ett öppet förhållningssätt.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

https://ki.se/forskning/forskningsomraden-centrum-och-natverk/forskargrupper/kartlaggning-av-normal-och-malign-blodcellsutveckling-team-joakim-dahlin

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet

1. Joakim Dahlin, [email protected]

1. Maria Eldh, OFR, [email protected]
2. Louisa Cheung, SACO, [email protected]
3. Farzad Hedayaty, SACO-s, [email protected]