Postdoktor i bioinformatik, cancer immunologi och spatial transkriptomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Kom och bli en del av Engbloms labb! Vi söker en skicklig bioinformatiker eller beräkningsbiolog för projekt inom immunologi, cancer och spatial transkriptomik, med målet att förstå tumörassocierade immunsvar och utnyttja dessa för terapi. Den framgångsrika kandidaten kommer vara anställd av KI och knuten till SciLifeLab, världsledande inom spatiell biologi. Engbloms forskargrupp har nyligen utvecklat en metod för att studera B-celler och B-cellsreceptorer i deras vävnadsmikromiljö med hjälp av spatial transkriptomik. Engbloms forskargrupp är engagerad i spjutspetsforskning inom att kartlägga immunsvar under tumörprogression och anti-cancerbehandling.

Din roll

Den sökande förväntas driva och utveckla analysflöden för att studera högdimensionella ’spatial’ och ’single-cell’ genuttrycksdata av cancer och immunvävnad från patienter och prekliniska studier. Kandidaten bör ha en stark bakgrund inom både beräknings- och statistiska metoder, med demonstrerad erfarenhet av reproducerbara och skalbara analysflöden. Den sökande kommer att arbeta i nära samarbete med andra medlemmar av Engbloms labb som kommer att generera datan. Den sökande förväntas vara mycket engagerad, nyfiken och en lagspelare. Kandidaten förväntas presentera sin forskning för både bred och specialiserad publik, med en biologisk grund, genom tekniska processer och matematiskt stöd.

Vem är du?

Vi söker en kandidat med kompetens och dokumenterad forskningserfarenhet, särskilt inom immunologi och/eller bioinformatik, med särskild tonvikt på att utföra analys av högdimensionella data, som kan vara sekvenserings- och/eller avbildningsbaserade. Erfarenhet av att arbeta med AI och maskininlärning är starkt meriterande. Vi söker en postdoktor som brinner för att svara på biologiska frågor relaterade till cancerimmunologi med hjälp av avancerad teknik i nära samarbete med experimentella forskare. Engbloms labb arbetar som ett team och är dedikerat till att fostra nästa generation forskare, så vi välkomnar kandidater som är intresserade av att undervisa och handleda blivande forskare.

Krav:

• Doktorsexamen inom relevanta områden (bioinformatik, immunologi, beräkningsbiologi, matematik och/eller statistik).
• Starka programmeringskunskaper i R och/eller Python
• Demonstrerad stark förmåga att analysera högdimensionella data.
• Erfarenhet av Linux/Unix
• Visad förmåga att presentera och analysera resultat muntligt och skriftligt
• Dokumenterade vetenskapliga publikationer inom relevanta områden
• Flytande engelska i tal och skrift

Meriterande:

• Tidigare deltagande i tvärvetenskapliga projekt som kombinerar beräkningsvetenskap och biologi.
• Kännedom om datahanteringsverktyg, versionskontroll (Git) och kollaborativ kodning (starkt meriterande)
• Stark förståelse för statistik och maskininlärning för högdimensionella data (starkt meriterande)
• Erfarenhet av arbetsflödeshanteringssystem (t.ex. Snakemake, Nextflow eller motsvarande)
• Tidigare erfarenhet av interaktiva ramverk för datavisualisering
• Erfarenhet av att analysera spatiala transkriptomikdata (t.ex. 10x Visium, bildbaserat)
• Erfarenhet av att arbeta med IgBLAST eller liknande immunogenomiska verktyg
• Expertis inom analys av B- och/eller T-cellsreceptordata
• Dokumenterad erfarenhet av undervisning och vetenskaplig kommunikation
• Förståelse för principer för datasäkerhet och iakttagande av dataskyddsbestämmelser (t.ex. GDPR
• Kunskaper i containeriseringsverktyg (t.ex. Docker, Singularity)
• Erfarenhet av att utveckla återanvändbara bibliotek eller paket i R eller Python.

Tjänsten kommer att kräva självständigt arbete samt omfattande samarbete med andra forskare. Forskningen kräver mycket tvärvetenskapligt arbete som involverar personer med olika expertis; Därför uppmuntras lagspelare som är motiverade att hjälpa varandra starkt att ansöka. Beskriv i din ansökan av nuvarande arbete vilken typ av analys och verktyg du skulle vilja utveckla i labbet, baserat på dina tidigare erfarenheter och labbets profil.

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering

Tjänsten är placerad inom Institutionen för medicin, Solna. Institutionen består av tio avdelningar och varje avdelning består av flertalet forskargrupper. Den aktuella tjänsten är placerad inom avdelningen för immunologi och lungmedicin i labbet lett av Dr. Camilla Engblom (SciLifeLab Fellow), inom Dr. Eduardo Villablanca’s forskargrupp. Det övergripande målet för labbet är att förstå mekanismer för B-cellsrelaterade immunsvar i cancer för att identifiera nya sätt att behandla tumörer. För att göra detta undersöker vi de spatiella relationerna mellan B-cellkloner och deras omedelbara nischer inom cancervävnader med hjälp av vår egenutvecklade spatial transcriptomik-baserade teknologi (Spatial VDJ). Med hjälp av etablerade och nyutvecklade algoritmer kartlägger vi B-cellsutveckling inom tumörer och identifierar förmodade kandidatsekvenser för tumörreglerande antikroppar för funktionella tester. Utöver labbets fokusområde har vår forskargrupp nationella och internationella samarbetsprojekt inom interaktioner mellan människa och mikrober, vaccinforskning och mukosal immunologi. Labbet har en stark koppling till SciLifeLab, världsledande inom ”spatial transcriptomics”, vilket innebär en unik vetenskaplig plats att kartlägga B cellers utveckling direkt i vävnaden. Vi arbetar nära med flera SciLifeLab facilititeter att sträva på våra vetenskapliga frågor i en tvärvetenskaplig miljö. Vårt labb strävar för att främja en kreativ, mångsidig och inkluderande arbetsmiljö med målet att alla labbmedlemmar svarar på ambitiösa och spännande vetenskapliga frågor. Labbet är beläget inom en kreativ forskningsmiljö med expertis inom olika aspekter av inflammation, infektion, allergi och autoimmuna sjukdomar.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till "en bättre hälsa för alla"] ---

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!

1. Camilla Engblom, [email protected]

1. Louisa Cheung, SACO, [email protected]
2. Farzad Hedayaty, SACO-s, [email protected]
3. Maria Eldh, ST-OFR, [email protected]