Doktorand inom maskininlärning för radiologisk precisionsmedicin

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Forskargruppen leds av Fredrik Strand, MSc MD PhD, som har en blandad bakgrund inom medicin, teknik och ekonomi, och är bröstradiolog vid Karolinska Universitetssjukhuset. Gruppen består av ett tiotal heltidsanställda medlemmar: forskningsspecialist, post doc, doktorander och forskningsingenjörer. Vår forskning är internationellt erkänd för utveckling och utvärdering av AI för radiologisk bröstcancerdiagnostik med publikationer i bland annat Lancet Digital Health, JAMA Oncology, Radiology, och MICCAI. Vår grupp har expertis inom radiologi, biostatistik och maskininlärning. Vi har ett starkt samarbete med forskargrupper på KTH, på KI, och internationellt inom två EU-projekt och ett nytt samarbete med en grupp vid centrum för Computational Precision Health vid University of California Berkeley och San Francisco. Den utlysta doktorandtjänsten kommer att ingå i det samarbetet.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Vår forskning fokuserade initialt på AI för tidig upptäckt och screening av mammografi, men under de senaste åren har den expanderat till den diagnostiska situationen och sjukdomsprognostiska faktorer. Att utveckla och utvärdera nya banbrytande metoder för maskininlärning för radiologisk precisionsmedicin för bröstcancer kommer att stå i fokus för doktoranden. Projektet syftar till att utveckla AI inom bröstavbildning för att förutsäga tumörers behandlingsrespons och därmed bättre kunna anpassa behandlingsplanering – särskilt för de fall inom nuvarande bröstcancervård där etablerade prediktorer misslyckas. Vårt övergripande mål är att utveckla personlig behandlingsplanering inom bröstcancervården genom AI och multimodal bildbehandling. För att uppnå detta strävar adresserar forskningsprogrammet tre huvudsakliga forskningsfrågor:

1. Prognostiska bildmarkörer för effekt av neoadjuvant terapi: Kan AI-algoritmer, med hjälp av bröstavbildningsmodaliteter, förbättra den prognostiska noggrannheten för svaret på neoadjuvant terapi?
2. Prediktiva bildmarkörer för optimerat behandlingsval: Om neoadjuvant terapi sannolikt kommer att lyckas, kan AI-driven analys avgöra den mest effektiva behandlingen för enskilda patienter?
3. Dynamisk behandlingsutvärdering: Kan vi utveckla AI-modeller som dynamiskt utvärderar behandlingens effektivitet med hjälp av upprepad bildtagning under behandlingens gång för att bedöma sjukdomsstatus (regression/progression/stabil)?

Doktoranden kommer att ansvara för att driva de tekniska innovationer som krävs för att ta itu med de ställda forskningsfrågorna. Specifikt kommer doktorandens roll att inkludera kurering av storskalig och multimodal medicinsk data, förståelse och utveckling av djupinlärningsmodell (både faltningsnätverk och syntransformatorer), och att identifiera, tillsammans med handledarna, vilka kliniska faktorer och/eller radiologiskt extraherade egenskaper som kan påverka AI-modellernas utveckling och kliniska översättning. Teknisk utveckling kommer att genomföras tillsammans med våra samarbetspartners vid UC Berkeley, University of Barcelona och KTH i Stockholm.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Nödvändiga

• Erfarenhet av att utveckla, utvärdera och förklara state-of-the-art maskininlärningsalgoritmer, med stort fokus på djupinlärning inklusive vision transformers, för datorbaserad bildanalys.
• Tidigare erfarenhet av datorbaserad analys och bearbetning av bilder
• Kandidat- och/eller Magister-examen i maskininlärning, datavetenskap, el- och datateknik eller ett relaterat område med starkt fokus på maskininlärning
• Utmärkta programmeringskunskaper (starkt fokus på python- och maskininlärningsbibliotek).
• Självständigt driv, med ett starkt intresse för forskningens framsteg inom det biomedicinska bildanalysområdet.
• Ett starkt personligt intresse för att förbättra cancervården
• Mycket god kommunikationsförmåga i både skrift och tal, på engelska

 Önskvärda/meriterande

• Hög professionell ambitionsnivå kombinerat med en snäll och samarbetsvillig attityd
• Tidigare vetenskaplig publikation som förstaförfattare
• Erfarenhet av DICOM-bildanalys
• Erfarenhet av att utveckla state-of-the-art ML-algoritmer för röntgenbilder
• Erfarenhet av full-stack kodning av hög kvalitet baserat på Python, containerisering, versionskontroll
• Erfarenhet av statistiska utvärderingar inom cancerområdet, och specifikt bröstcancer
• Biologisk förståelse för utveckling och behandling av cancer
• Lätt för att anpassa sig till nya ramverk, söka efter databaser och felsöka kod
• Exempel på att ha hjälpt andra att lyckas i allmänhet, att lyckas i sitt forsknings- och utvecklingsarbete
• Erfarenhet av frontend-ramverk som Svelte och React

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

https://ki.se/en/research/groups/computational-breast-imaging-fredrik-strands-group

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet

1. Fredrik Strand, fredrik.strand@ki.se

1. Per Hydbring, SACO/Nick Tobin, SACO, per.hydbring@ki.se/nick.tobin@ki.se
2. Henry Wölling, SEKO, henry.wolling@ki.se
3. Helen Eriksson, OFR, helen.eriksson@ki.se